|
Прогноз зависимости геометрии белковой последовательности от изменения последовательностей аминокислотных остатков
Ключевые слова:
- Исследование геометрических конфигураций белков
- Алгоритм поиска метрических конфигураций, связывающих конформационное состояние и физико-химические свойства информационных единиц
1. Первоначальная постановка задачи
Для ответа на вопрос "Как изменения в последовательностях аминокислотных остатков влияют на изменение в геометрии белка?", необходимо, во-первых, определить что такое изменение, то есть ввести некоторую меру изменения структуры домена, и, во-вторых, отыскать меру изменения геометрической конфигурации белка. Пользуясь этими двумя мерами предлагается создать алгоритм прогноза зависимости геометрии белковой последовательности от изменения структуры домена. (Ниже терминология изменена, принят синоним домен--информационная единица, IU.)
Задано множество аминокислотных остатков  . Каждому остатку соответствует вектор из более четырехсот элементов, где каждый элемент — значение какого-либо измеряемого физико-химического свойства остатка.
Задано пространство доменов  "S=(\{s_i\},\nu)") . Здесь и далее домен  — упорядоченная последовательность остатков фиксированной длины и — функция расстояния между двумя доменами,  "\nu=\nu(s_i,s_j)") , заданная с помощью набора правил.
Очевидно, что возможно исследовать не все пространство доменов фиксированной длины, в котором !} "\frac{20!}{K!(20-K)!}") элементов, а его небольшое подмножество и этот факт будет подразумеваться далее. Каждому домену поставлена в соответствие частота его встречаемости в различных белках.
|
